説明しにくいのであとで補足するとして取り急ぎのメモ。

drag:function(e,ui){
ui.position.top = ui.offset.top;
}

トップの位置をブラウザによって変わるのでこれで調整する（詳細は後日）

また、appendToとposition:relativeで解決することもほとんどだけど、
わざわざこれをせざるを得なかった状況も後日解説します。

iti